Hacia el año 1580 Juan de Garay efectuó el reparto de tierras denominadas “Suertes de Estancias” entre sus compañeros de viaje. Las tierras del actual Partido pasaron por diversas transferencias y fraccionamientos, hasta que en 1774 Ventura López Camelo fue nombrado Alcalde. Desde entonces el distrito lleva el nombre de Partido del Pilar.
El 23 de febrero de 1820 el Partido del Pilar fue sede del primer acuerdo institucional que proyecta a la Argentina como un país federal. Este acuerdo, que se realizó en la primitiva Capilla céntrica, fue el famoso Tratado del Pilar y significó el origen del federalismo nacional, razón por la que se conoce a esta ciudad como la “Cuna del Federalismo”.
El 11 de abril de 1855, se constituyó en el Pilar la organización municipal ya que el vecindario eligió por votación a su propio gobierno. Las autoridades electas asumieron sus cargos el 27 de enero de 1856. El equipo estaba integrado por Fermín Gamboa, Silverio Besabé y Luis Ponce de León.
El Municipio del Pilar fue formalmente creado el 24 de octubre de 1864 por la Ley № 442, promulgada al día siguiente. Por otra parte, el 25 de octubre de 1864, se dividieron los distritos de la Provincia de Buenos Aires, lo que delimitó el Partido del Pilar (Ley Provincial № 422). Estos límites distritales fueron determinados por el Decreto del 24 de febrero de 1865, reglamentario de la Ley del 24 de octubre de 1864. Su extensión fue reducida y fijada por el mencionado decreto (Ley del 25 de octubre de 1878 y 18 de octubre de 1889 para la formación de los Partidos de General Rodríguez y General Sarmiento respectivamente).
Mediante la Ley № 6068 del 23 de octubre de 1959, el Partido del Pilar fue dividido y parte de su superficie pasó a formar el Partido de Escobar. Luego en 1994 mediante la ley provincial № 11.551/94, otra parte de su superficie pasó a integrar el territorio del nuevo Partido de Malvinas Argentinas, en tanto aumentó su extensión con la incorporación de la localidad de Del Viso que pertenecía en su mayor parte al ex Partido de General Sarmiento, que también fue dividido en su totalidad por esa Ley.
Durante el siglo XX el perfil del partido comienza transformarse, con la construcción del parque industrial Pilar, que nace a principios de los años 1970, desde la década de 1990, dado que la aparición de un gran número de barrios cerrados y clubes de campo supuso una mejora de la infraestructura y la concreción de inversiones en el área. Desde principios del siglo XXI se han asentado en el partido varios proyectos inmobiliarios vinculados a barrios privados, provocando un boom inmobiliario y la urbanización y el desplazamiento en zonas hasta entonces rurales.